主要职责:
（一）落实国家环境保护基本制度。贯彻执行国家环境保护政策、规划，拟订并组织实施兵团环境保护政策、规划，组织制定兵团环境标准和技术规范；组织编制环境功能区划；组织拟订重要饮用水水源地、重点区域、流域、地下水污染防治规划并监督实施。
（二）负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。组织协调重大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调重大突发环境事件的应急、预警工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷。
（三）承担落实国家和兵团减排目标的责任。执行国家主要污染物排放总量控制和排污许可证制度，按照国家减排目标制定兵团总量控制计划并组织实施，督查、督办、核查各师市污染物减排任务完成情况；实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
（四）负责提出兵团环境保护领域固定资产投资规模和方向、国家和兵团财政性资金安排的意见；参与指导和推动循环经济和环保产业发展。
（五）承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。受兵团委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；对兵团涉及环境保护的法规、条例草案提出有关环境保护方面的意见；按照国家和兵团规定审批项目环境影响评价文件。
（六）负责环境污染防治的监督管理。研究拟订水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理细则并组织实施；负责水污染排放许可证审批和发放工作；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇（团场）和连队的环境综合整治工作。
（七）指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；向兵团提出新建兵团级自然保护区审批建议；指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；协调指导连队环境保护；监督生物技术环境安全；组织协调生物多样性保护。
（八）负责环境监测和信息发布。制定环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警；组织建设和管理兵团环境监测网和环境信息网；建立和实行环境质量公告制度，负责发布兵团环境综合性报告和重大环境信息。
（九）开展环境保护科技工作。组织环境保护科学研究和技术示范；开展环境保护国际合作交流。
（十）组织、指导和协调环境保护宣传教育工作。制定并组织实施环境保护宣传教育规划，开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
（十一）负责兵团驻乌各单位环境保护工作。
（十二）负责局属事业单位的管理工作。
（十三）承办兵团交办的其他事项。
内设机构及职责:
（一）办公室（规划财务处）。
负责环境保护规划、财务综合管理工作；组织编制环境保护规划、综合性环境功能区划并监督执行；组织审核城市总体规划和其它部门规划中的环境保护内容；负责基础能力建设，组织实施兵团环境监管能力建设和环境信息网络能力建设工作；协调有关中央、兵团财政专项资金的申报审批工作；组织编制项目申报指南；审查、指导和监督管理项目资金使用情况，并组织绩效考评。负责局机关党务、政务、纪检工作的综合协调和督查督办；负责文电、会务、保密、机要、档案等机关日常工作；承担机关和局属事业单位的人事管理和队伍建设等工作。
（二）环境管理处（环境影响评价处）。
负责兵团大气、水、土壤环境保护的监督管理，组织协调跨师域污染防治工作，建立对大气、水、土壤环境质量改善目标落实情况考核制度。拟订和监督实施全区重点流域、地下水污染防治规划计划；建立和组织实施跨师市、团（镇）界水体断面水质考核制度；监督管理饮用水源地环境保护工作；负责水固定源管理相关工作；负责规模化畜禽养殖污染防治。负责兵团大气、噪声、光、恶臭、机动车、化石能源等污染防治的监督管理；拟订兵团大气污染防治规划，指导编制城市大气环境质量限期达标和改善规划；组织拟订重点师域大气污染防治联防联控实施方案、重污染天气应对政策措施并监督实施。负责兵团土壤、固体废物、化学品及重金属等污染防治的监督管理；组织实施危险废物经营许可；监督管理土壤环境保护、农膜污染防治工作。参与有关专项资金项目立项、申报、审查等工作，负责项目实施过程中的业务指导和监督，开展项目涉及的环境保护政策成效评估；组织审核大气、水、土壤等治理项目实施方案，参与项目的实施、管理、竣工验收和绩效考评具体工作。负责排污许可的综合协调，组织实施排污许可证审批和发放工作；承担大气、水、土壤污染物排污许可、总量控制、排污权交易工作。负责建设项目（核与辐射建设项目除外）环境影响评价综合管理工作；负责对重大发展规划、重大经济开发计划和重要产业、重点区域进行环境影响评价；负责审查重点开发建设区区域规划、行业规划环境影响评价；负责涉核与辐射以外的建设项目环境影响文件的审批，并负责其竣工环境保护验收；协助管理环境影响评价机构资质；参与“三同时”监督检查工作；组织指导环境监理工作；负责环境影响后评价工作。
（三）环境监测处（科技标准处）。
负责环境监测管理和环境质量、生态状况等环境信息发布；归口组织开展环境监测站点规划布局和选点；组织实施环境质量监测、土壤监测、生态监测、噪声等物理监测、污染源监督性监测、环境应急和预警监测。承担排污申报登记和污染源普查工作；负责组织重点污染源在线监测设施运行的监督管理；负责建立和实行环境质量公告制度，组织编制并发布兵团环境状况公报；组织建设管理兵团环境监测网；负责拟定重点污染源在线监测项目实施方案，提出资金安排建议，并负责项目的实施、管理、竣工验收和绩效考评。负责环保科技标准综合管理工作；负责管理环境标志认证工作；组织开展清洁生产强制性审核；参与指导和推动循环经济、环保产业发展、绿色消费等相关工作。
（四）自然生态保护处。（宣传教育处）。
负责生态保护综合管理工作；组织开展兵团生态状况评估，拟定生态保护区划、规划和生态环境功能区划，划定兵团生态保护红线；组织实施兵团生态补偿脱贫专项行动；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作，协调编制自然保护区建设规划，组织向兵团提出新建、调整兵团级自然保护区审批建议；组织协调和监督湿地环境保护、荒漠化防治、生物多样性保护、生物遗传资源和生物技术环境安全工作；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；牵头负责连队环境保护和农村环境综合治理工作；监督、协调有机食品发展工作；指导生态农业建设，参与有关部门农业面源污染防治工作；负责组织指导生态文明建设示范区创建工作；负责整合环境保护模范城市、城市环境综合整治定量考核与生态文明建设示范区创建；负责拟定生态文明建设示范区、生态修复等项目拟订规划、实施方案、管理办法，提出资金的安排建议，并负责项目实施、管理、竣工验收和绩效评估考评；参与有关专项资金项目立项、申报、审查等工作，负责项目实施过程中的业务指导和监督，及环境保护政策成效评估。
（五）环境监察处（兵团环境保护督察办公室、应急办、政策法规处）。
负责对师市党政履行环境保护职责情况进行常态化督察，实现对各师市全天候、全覆盖的日常监察。承担兵团环境保护督察工作领导小组办公室日常工作。组织协调环境保护督察工作;统一归口管理涉及兵团的有关事项。负责统一归口管理涉及企业的处罚等工作；负责重大环境问题的统筹协调和监督执法检查；组织协调重大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；组织拟定突发环境事件应急预案，指导协调重大突发环境事件的应急、预警工作；负责兵团环境应急指挥部办公室的日常工作；组织开展环境执法稽查和排污收费稽查；负责编制兵团环境监察能力建设规划，指导全兵团环境监察队伍建设和业务工作；组织兵团审批的建设项目“三同时”监督检查工作；参与拟定工业企业主要污染物治理项目实施方案及资金安排建议，并参与项目的实施、管理、竣工验收和绩效考评。组织环境保护行政复议、行政赔偿和应诉等工作；指导和监督兵团环境保护依法行政和行政执法责任制工作；负责局机关行政许可事项的清理和确认工作；负责局机关、委托执法单位执法人员执法证的审核上报和备案工作；负责提案议案办理工作。
办公联系电话及传真:
办公室电话（兼传真）：0991-2890216
环境管理处：0991-2896719
环境监测处：0991-2896719
自然生态保护处：0991-2896719
环境监察处：0991-2896719
